Die Finanzierung der Biologischen Station erfolgt zu ca. 70 % durch das Land Nordrhein-Westfalen und den Kreis Düren.

Im Haushaltsjahr 2005 wurden 10% der Mittel gekürzt, in 2006 erfolgten weitere Kürzungen in Höhe von über 15%. Die ehemals 4,5 durch die öffentliche Hand finanzierten Stellen sind damit auf 3 Mitarbeiterstellen reduziert.

Die übrigen 1,5 Stellen werden mit Hilfe von Projektmitteln jährlich wechselnden Umfangs im Rahmen von EU-Projekten (Interreg, Leader oder LIFE+), regionalen Projekten (LVR), Stiftungsmitteln (Sparkassen-Stiftung, HIT-Stiftung, Veolia-Stiftung) oder Projektteilfinanzierungen (NABU Kreisverband Düren) finanziert.
Diese gewinnen zunehmend an Bedeutung, denn sie ermöglichen der Station die Umsetzung ehemals zu 100% öffentlich geförderter Projekte wie z.B. die Umsetzung von Artenschutzmaßnahmen für Gelbbauchunke und Steinkauz.